
- 作者: 石田基広,市川太祐,瓜生真也,湯谷啓明
- 出版社/メーカー: シーアンドアール研究所
- 発売日: 2017/03/27
- メディア: 単行本(ソフトカバー)
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上記を参考にEutilsを使用してみる。
library(dplyr) library(rvest) pubmedID <- "25517282" address <- "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?db=pubmed&mode=XML&id=" myXML <- read_xml(paste(address,pubmedID,sep="")) #雑誌名 myXML %>% xml_nodes(xpath="//Journal/Title") %>% xml_text() #年 myXML %>% xml_nodes(xpath="//JournalIssue/PubDate") %>% xml_children() %>% xml_text() %>% paste(collapse=" ") #ページ数 myXML %>% xml_nodes(xpath="//MedlinePgn") %>% xml_text() #タイトル myXML %>% xml_nodes(xpath="//ArticleTitle") %>% xml_text() #アブストラクト myXML %>% xml_nodes(xpath="//AbstractText") %>% xml_text() %>% paste(collapse=" ")
補足
「paste」の使い方
文字列を単純に結合する場合には「sep」を指定
文字列ベクトルを結合する場合には「collapse」を指定
> paste("aaa", "bbb" , sep="#") [1] "aaa#bbb" > paste("aaa", "bbb" , collapse="#") [1] "aaa bbb" > paste(c("aaa", "bbb") , sep="#") [1] "aaa" "bbb" > paste(c("aaa", "bbb") , collapse="#") [1] "aaa#bbb"