R

WindowsとRとMXNetでSRGAN(GPUなし)

2018年8月1日動作確認 環境 はじめに MXNetのインストール サンプル画像を用意する 実行ファイルを作成 コマンドプロンプトから実行 結果 2018年10月15日追記 環境 Windows10 Pro 64bit R-3.5.1 はじめに 「Super-Resolution-Zoo」として各種学習済みモデル…

「text2vec」パッケージを使ってSCDVのようなことをやってみる

R

================================================ word2vecの代わりに「text2vec」パッケージのGloveを使用 GMMは「ClusterR」パッケージを使用 ================================================ 環境 データの準備 GloVeでワードベクトル作成まで 混合…

RとfastTextを使ってSCDVのようなことをやってみる

R

Ubuntu上でfastTextを実行(word2vecの代わり) その結果をRで拾い上げ、その後を実行 Ubuntu上でfastTextを実行(word2vecの代わり) touch-sp.hatenablog.com その結果をRで拾い上げ、その後を実行 library(text2vec) #fastTextデータ(ワードベクトル)を…

トピックモデルを使った文献スクリーニング (2)

データのダウンロード Linuxコマンドでmd5チェックと解凍 C#を使ってアブストラクトを抽出 Perlを使って表記ゆれ対策 Rのtext2vecパッケージを使う 結果 データのダウンロード ダウンロードはこちらから。 Linuxコマンドでmd5チェックと解凍 md5sum -c pubme…

トピックモデルを使った文献スクリーニング

R

データの準備 約10万文献を使用。 下記を参照。 touch-sp.hatenablog.com トピックモデルの作成 library(text2vec) #データの読み込み new_stopwords <- readRDS("new_stopwords") Absts <- readLines("Absts_train.txt") #単語の抽出 it <- itoken(Absts, t…

GloVe Word Embeddingsを試してみる

ほとんどマニュアル通りに行っただけ。 GloVe Word Embeddings <環境> > sessionInfo() R version 3.4.2 (2017-09-28) Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) Running under: Windows 10 x64 (build 16299) Matrix products: default locale: [1] LC_…

文献のアブストラクトを取得してTF-IDFを作成する(2)

R

PubMedから検索結果をXMLフォーマットでダウンロードした場合を想定。 検索結果をダウンロードするには、検索結果ページの右上にある「Send to」をクリック、「File」を選択し、Formatを「XML」にして「Create File」をクリック。 「pubmed_result.xml」とい…

文献のアブストラクトを取得してTF-IDFを作成する

R

<環境> > sessionInfo() R version 3.4.2 (2017-09-28) Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) Running under: Windows 10 x64 (build 16299) Matrix products: default locale: [1] LC_COLLATE=Japanese_Japan.932 LC_CTYPE=Japanese_Japan.932 [3] …

RでEutilsを使ってみる

R

Rによるスクレイピング入門作者:石田 基広,市川 太祐,瓜生 真也,湯谷 啓明発売日: 2017/03/27メディア: 単行本(ソフトカバー)上記を参考にEutilsを使用してみる。 library(dplyr) library(rvest) pubmedID <- "25517282" address <- "http://eutils.ncbi.n…

RMeCabを使ってみる

R

Rによるスクレイピング入門作者: 石田基広,市川太祐,瓜生真也,湯谷啓明出版社/メーカー: シーアンドアール研究所発売日: 2017/03/27メディア: 単行本(ソフトカバー)この商品を含むブログ (2件) を見る上記を参考にRMeCabを使用してみる。 RMeCabのインスト…

Rできれいなグラフを描くための各種設定

R

100%積み上げグラフを描く プロットエリアを塗りつぶす、棒グラフの特定のバーだけ色を変える 円グラフ 折れ線グラフ 【おまけ】プロットのマーカー一覧を表示 100%積み上げグラフを描く mymatrix <- matrix(c(149,136,133,122,118,144,174,132,154,111,126,…

Rで横軸が時系列のグラフを書く

R

日付の場合 a <- as.Date(c("2017/4/15","2017/5/2","2017/8/31")) b <- c(2,8,7) par(xaxt="n") plot(a,b,type="b",ylim=c(0,10),xlab="time",ylab="value") par(xaxt="s") axis.Date(1,at=seq(min(a),max(a),"month"),format="%m月%d日") 時間の場合 a <- …

rmarkdownで表を書く

R

rmdファイル --- title: "irisテーブル" output: html_document --- ```{r} head(iris) ``` --- ```{r results="asis"} print(xtable(head(iris)),type="html") ``` --- ```{r results="asis"} al <- rep("center",ncol(iris)+1) print(xtable(head(iris), a…

Rの結果をPDFに出力する (rmarkdown)

R

以前にも同様のことを書いた touch-sp.hatenablog.com 今回は「rmarkdown」パッケージを使用する PDF出力はWordで行う rmdファイルを用意する(Markdown1.rmd) --- output: word_document --- ```{r echo=FALSE} print(title) t.test(セトサ, バージーカラー,…

YOLO学習のためのファイル操作もろもろ

複数のファイルに連番をつける Windowsの場合にはコマンドプロンプト(あるいはPower Shell)を使えばできる。 新たに勉強するのが面倒くさいのでRで行う。 (例としてPASという名前がついたtifファイルに連番をつける) mypath <- getwd() setwd(choose.dir…

Rのパイプ処理が使えない?

R

環境はWindows10 & R-3.3.3 原因は Help on topic 'filter' was found in the following packages: Return rows with matching conditions. (in package dplyr in library C:/R-3.3.3/library) Linear Filtering on a Time Series (in package stats in libr…

Pythonでフォルダ内のファイル一覧をパス無しで取得する

import glob import os files = glob.glob('D:/CEN_list/CEN_list/bin/Debug/file/*.txt') for f in files: (dirname,filename)=os.path.split(f) print(filename) ちなみにRでは path <- "D:/CEN_list/CEN_list/bin/Debug/file/" list.files(path)

Rの結果をPDFに出力する(文字化け対応)

R

Rの結果をテキストファイルとpngファイルに出力する。 それらをWordで受け取ってPDFファイルに出力する。 Rのコード data(iris) mydata <- iris 比較 <- c("Sepal.Length","Sepal.Width","Petal.Length","Petal.Width") counter=1 for (hikaku in 1:length(…

biocGraph パッケージを使用して Rgraphviz で描いた図にリンクをはる方法

R

library(RCurl) library(XML) library(geneplotter) library(Rgraphviz) library(biocGraph) library(org.Hs.eg.db) gene_article <- function(geneID){ ID2symbol <- as.list(org.Hs.egSYMBOL) gene_name <- unlist(ID2symbol[geneID]) url <- paste("http:…